Illumina, Inc. · NASDAQ:ILMN
Illumina — Conference Presentation (October 2019)
20 slides from Illumina's conference presentation, Oct 9, 2019
Slide 1: ウシゲノム解析ソリューションのご紹介
ウシゲノム解析ソリューションのご紹介 イルミナ株式会社 2019年10月9日 アプライドゲノミクススペシャリスト 李 爽 © 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 2: 本日の内容
本日の内容 ● ウシ育種の現状と未来 - データベースの構築とゲノミック評価の導入について - ゲノム情報のウシ育種における応用 ● 家畜育種に有用な製品紹介 2
Slide 3: 育種におけるパラダイムシフト：伝統的な育種法→ゲノム育種法
育種におけるパラダイムシフト： 伝統的な育種法→ゲノム育種法 血統 ● 遺伝評価はDNAが利用できればす ぐに実施可能 ● 若年期に雌雄を問わず、正確な選 抜が可能 表現型 - 遺伝的な進歩が2倍に - 種雄牛の提供において90％以上 ゲノム情報 のコスト削減の可能性 3
Slide 4: データベースの構築とゲノミック評価の導入について
データベースの構築と ゲノミック評価の導入について 4 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 5: 基本の理解：遺伝的多様性と遺伝子多型
基本の理解：遺伝的多様性と遺伝子多型 SNP： 一塩基多型 一部の遺伝子多型を用いて特定の形質を区別でき、選抜用のDNAマーカーとして利用可能 農業におけるゲノム選抜イルミナテクノロジーを使用した最新論文の概要 5 https://jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/nfdoc/pdf/genomic-selection-in-agriculture_j.pdf
Slide 6: ゲノム選抜の実施
ゲノム選抜の実施 ゲノム育種価（gEBV）： 全ゲノムをカバーする多数の遺伝的マーカー の累積効果から計算され、これらの値は新しい潜在的な育種候補をスコ ア化するために用いられる レファレンス集団 既知の遺伝型と表現型 選択した品種 選抜候補 ゲノム育種価の利用 予測的なSNP の選択30-300 SNP/ 形質 予測式に 換算 農業におけるゲノム選抜イルミナテクノロジーを使用した最新論文の概要 https://jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/nfdoc/pdf/genomic-select
Slide 7: F/I LNGBOO BEILSITO A
F/I LNGBOO BEILSITO A lumina’
Slide 8: データベースの構築とゲノム育種価の算出例
データベースの構築とゲノム育種価の算出例 北海道立総合研究機構 http://www.maff.go.jp/j/kanbo/kihyo03/gityo/new_tech_cultivar/pdf/2018kobetuseika/2018_19.pdf 8
Slide 9: 改良加速化-DNAで黒毛和牛のゲノミック評価
北海道立総合研究機構 改良加速化-DNAで黒毛和牛のゲノミック評価 黒毛和種牛群の改良の効率化 9 https://www.hro.or.jp/list/agricultural/center/shingijutsu/35/1_4.pdf
Slide 10: 改良加速化-DNAで黒毛和牛のゲノミック評価
北海道立総合研究機構 改良加速化-DNAで黒毛和牛のゲノミック評価 10 http://www.maff.go.jp/j/kanbo/kihyo03/gityo/new_tech_cultivar/pdf/2018kobetuseika/2018_19.pdf
Slide 11: 家畜改良センター 肉用牛の成長・食味の向上
家畜改良センター 肉用牛の成長・食味の向上 11 家畜改良センター： http://www.nlbc.go.jp/research/iden/nikuyogyu.html
Slide 12: 家畜改良事業団、乳牛・肉牛のゲノミック評価
家畜改良事業団、乳牛・肉牛のゲノミック評価 イルミナBovineLD、BovineSNP50を採用 肉用牛のゲノミック評価 乳用牛のゲノミック評価 肉牛ジャーナル 肉牛新報社 http://liaj.or.jp/giken/usi_snptyp.html http://www.nikugyu.sakura.ne.jp/jurnal.htm 12
Slide 13: 本日の内容
本日の内容 ● ウシ育種の現状と未来 - データベースの構築とゲノミクス評価の導入について - ゲノム情報のウシ育種における応用 ● 家畜育種に有用な製品紹介 13
Slide 14: マイクロアレイ製品
マイクロアレイ製品 用途と予算に合わせて選べる豊富なラインナップ ● イルミナアレイは高密度アレイから、搭載SNPを抑え低価格を実現 した低密度アレイまで、幅広い選択肢を揃えています。用途に合わ せて使い分けることで、限りあるコストを有効に使うことができます。 高密度アレイ 低密度アレイ 14
Slide 15: ウシアレイのカタログ製品一覧表
ウシアレイのカタログ製品一覧表 アレイ Array Base SNP数 Add-On データシート BovineHD 777,962 - リンク イルミナ BovineSNP50 v3.0 53,714 60万 リンク Bovine BovineLD v2.0 7,931 8万 リンク GGP Bovine 150K 134,000 - Array GGP Bos Indicus HD 74,000 - 製品 Array GGP Bovine LD 26,000 - Array *GeneSeek® Genomic ProfilerTM (GGPTM) Arrays (Neogeneとのコラボ
Slide 16: カスタムコンテンツのデザインの柔軟性
カスタムコンテンツのデザインの柔軟性 既製品アレイに必要なコンテンツを加える、セミカスタムにも対応 ● 既製品のコンテンツを補足した、セミカスタムを簡単に作れます Beadpool 1 (カタログコンテンツ) Beadpoolを統合 セミカスタムアレイ Beadpool 1 + 2 Beadpool 2 (カスタムコンテンツ) 16
Slide 17: イルミナ ウシゲノム選抜用マイクロアレイ
イルミナ ウシゲノム選抜用マイクロアレイ 装置 装置本体* 製品略称または 解析SNP 試薬コスト アプリケーション 数 / 検体 iScan BovineHD 777,000 17,000 円 アレイスキャナー BovineSNP50 53,000 8,500 円 GGP Bovine 134,000 10,200 円 4,020 万円 150K GGP BovineLD 30,000 5,100 円 BovineLD 8,000 4,300 円 ※2019年10月時点の価格 *Infinium Starter Kitというアレイ用周辺機器バンドルが別途必要になります。 17
Slide 18: ゲノム育種価を活用した選抜
ゲノム育種価を活用した選抜 ● 必要なコスト - 準備 ▪ 初期導入費 5,000 万円 ▪ データ取得 2,500 頭 4,250 万円(Bovine HDで計算) ▪ 予測式算出 委託する場合委託費用 - 解析 ▪ 評価 4,300 円 ～ 17,000 円 / 頭* - 保守 ▪ 年間保守費 282 万円 / 年 (Bronze support plan) ※2019年10月時点の価格 18
Slide 19: まとめ
まとめ ● イルミナでは、次世代シーケンサーとマイクロアレイというゲノ ム解析ソリューションを提供しています ● 家畜改良センター、家畜改良事業団を含め、ゲノム育種にお ける豊富な実績を有しています ● NGSもマイクロアレイも、用途に応じてお選びいただける豊富 なラインナップを揃えています 19
Slide 20: ゲノム解析をお考えですか？
ゲノム解析をお考えですか？ アレイとNGSを提供できるのはイルミナだけ お問い合わせメールアドレス： sli5@illumina.com テクニカルサポートTel： 0800-111-5011 20