Illumina, Inc. · NASDAQ:ILMN
Illumina — Technical Presentation (November 2017)
47 slides from Illumina's technical presentation, Nov 29, 2017
Slide 1: BaseSpace Sequence Hubを使用したデータ解析の基本
BaseSpace Sequence Hubを使用したデータ解析の基本 テクニカルアプリケーションサイエンティスト 渡邊 大 2017/11/29 © 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, ForenSeq, Genetic Energy, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSe
Slide 2: イルミナのBaseSpace
イルミナのBaseSpace ● インターネット上のクラウドサービス（基本的に有償） ● シーケンスデータを装置から直接ストレージにアップロード ● クリック操作で視覚的に高度な解析を実施可能 ● 10月にインターフェイス一新 ● 基本的な使用方法とよくあるトラブル、その対応について紹介 2
Slide 3: 新しいBaseSpace, 何が変わったか
新しいBaseSpace, 何が変わったか Sample-centricなデータ構造 ランがデータ構造の中心 サンプルがデータ構造の中心 Run-centric Sample-centric 同一のSample ID Run Run Sample Sample Combined Sample (optional) 3
Slide 4: 新しいBaseSpace, 何が変わったか
新しいBaseSpace, 何が変わったか Sample-centricなデータ構造 ランがデータ構造の中心 サンプルがデータ構造の中心 Run-centric Sample-centric 同一のSample ID Run Run Sample Sample Combined Sample (optional) 4 互換性は維持されています
Slide 5: 新旧行き来できるダッシュボード
新しいBaseSpace, 何が変わったか 新旧行き来できるダッシュボード 5
Slide 6: 新旧行き来できるダッシュボード: Classicの表示
新しいBaseSpace, 何が変わったか 新旧行き来できるダッシュボード バージョン切り替えのトグル Classicの表示 6
Slide 7: 新旧行き来できるダッシュボード: Newの表示
新しいBaseSpace, 何が変わったか 新旧行き来できるダッシュボード バージョン切り替えのトグル Newの表示 7
Slide 8: ポップアップ ヘルプツアー
新しいBaseSpace, 何が変わったか 新旧行き来できるダッシュボード ポップアップ ヘルプツアー 8
Slide 9: ページ配置の変更
新しいBaseSpace, 何が変わったか ページ配置の変更 Runs, Projectsは、MY DATA内に格納されることになります 9
Slide 10: Fastqの取り扱い
10 , Fastq® BYU tS illumina’
Slide 11: Fastqをアップロードしたい
Fastqをアップロードしたい Projectタブ 11
Slide 12: Fastqをアップロードしたい: File → New → Project
Fastqをアップロードしたい File → New → Project 12
Slide 13: Fastqをアップロードしたい: File → Upload → Fastq
Fastqをアップロードしたい File → Upload → Fastq 13
Slide 14: Fastqをアップロードしたい
Fastq#7yFO—FUEL 14 BaseSpace [f Sig" Projects: webinar Upload FASTQ, VCF, or Manifest Files Destination Information Default project weber ‘save upleadto* Lbrary name> srinaPrep brary prep t+ My DATA > PREP APPS PUBLIC DATA Q 2 af & paiviatanad: © | illumina File Type: fastq.gz lumina FTO Guidance Te
Slide 15: Fastqをアップロードしたい
Fastqをアップロードしたい サンプルの名前 ライブラリの名前 プレップキットの名称 15
Slide 16: Fastqのアップロードに関連するトラブル
Fastqのアップロードに関連するトラブル Fastqがアップロードできない 名前はルールに則っていますか？ gz形式で保存されていますか？ 複数サンプルアップロードしていませんか？ 中身に手を加えていませんか？ 16
Slide 17: Fastqをダウンロードしたい
Fastqをダウンロードしたい Project → Biosample か、Biosampleタブ 17
Slide 18: Fastqをダウンロードしたい: Datasets → サンプルにtick
Fastqをダウンロードしたい Datasets → サンプルにtick クリックすると、紐づいているFastqが表示される 18
Slide 19: Fastqをダウンロードしたい: File → Download → Dataset
Fastqをダウンロードしたい File → Download → Dataset 19
Slide 20: Fastqをダウンロードしたい
Fastqをダウンロードしたい BaseSpace downloaderを起動 初回はインストールの必要があります 20
Slide 21: Fastqをダウンロードしたい
Fastqをダウンロードしたい BaseSpace downloaderを起動 21
Slide 22: Fastqをコピーしたい
Fastqをコピーしたい Biosample → Dataset → File → Download → Dataset 22
Slide 23: Run, Projectの取り扱い
Run, Projectの取り扱い 23
Slide 24: Projectをシェアしたい
Projectをシェアしたい Share → Send Invitation か Get Link 24
Slide 25: Projectをトランスファーしたい
Projectをトランスファーしたい Share → Transfer → Transfer Ownership 25
Slide 26: Runをシェアしたい
Runをシェアしたい Share → Send Invitation か Get Link 26
Slide 27: Runのシェアに関連するトラブル
Runのシェアに関連するトラブル Fastqがダウンロードできない 27
Slide 28: Fastq生成に関するトラブル
Fastq生成に関するトラブル インデックス情報を間違えた 28
Slide 29: Fastq生成に関するトラブル
Fastq生成に関するトラブル インデックス情報を間違えた 自動的にvalidation 適宜修正 29
Slide 30: illumina’
30 illumina’
Slide 31: Project → Launch App
アプリで解析を行いたい Project → Launch App 31
Slide 32: APPSタブ
アプリで解析を行いたい APPSタブ 名前で検索 カテゴリで検索 32
Slide 33: 16S Metagenomics app screenshot
PTF\) CHEAT EAT TELS ace Wo SEQuence pace [hue ba MYDATA® PREF APPS PUBLIC DATA a2 ew @ illumina Ss 16S Metagenomics Pricing ran, compe cos crests elo “The 165 Metagenomi app perform taxonomic classification of 165 rRNA targeted le amplicon reads using an llumina-curated version ofthe GreenGens taxo
Slide 34: アプリ使用に関するトラブル
アプリ使用に関するトラブル 解析を開始できない ここのinformationがエラーやワーニングを出す 34
Slide 35: 16S Metagenomics
IEF SKIFIL ABT BAG CELL 16S Metagenomics Hel 108 Metagenomics app performs taxonomic classification of 165 rRNA tar 1 an llumina-curated version o taxonomie database. 16 and raw clasafcation output for pers Classtication ie per red using the llunina 165 Matageromics works which is also available ine
Slide 36: BaseMount
illumina’ S = 36
Slide 37: BaseMountの使用例
BaseMountの使用例 ● コマンドラインを使用して、一部BaseSpaceの操作をすることができます ● テクニカルサポートによるご案内の対象外でございます （GUI操作が運用の基本、サーバー固有の環境をサポートできない） ● 一部のご要望に対し、ご提案できることがございます 37
Slide 38: BaseMountの使用例
BaseMountの使用例 ランのbclファイルをまとめて取得したい Bclファイルをダウンロードしようとすると。。。 一つ一つ手動でのダウンロードが必要となる 38
Slide 39: BaseMountの使用例
BaseMountの使用例 ランのbclファイルをまとめて取得したい Linuxサーバー上で同様に確認できる 39
Slide 40: BaseMountの使用例
BaseMountの使用例 ランのbclファイルをまとめて取得したい GUIでも確認 40
Slide 41: BaseMountの使用例
BaseMountの使用例 任意のデータをアップロードしたい ProjectにSAVデータがアップロードされている 41
Slide 42: BaseMountのご使用法について
BaseMountのご使用法について https://jp.illumina.com/events/webinar/archive/webinar_160624_j.html 42
Slide 43: EDI
43 a 2 ~ OR . : — a aw EDI illumina’
Slide 44: BaseSpaceヘルプ
BaseSpaceヘルプ https://support.illumina.com/help/BaseSpace_Sequence_Hub/Sour ce/HomePages/Home_Page_BaseSpace_Sequence_Hub.htm ● 新しくなりました ● BaseSpaceの概要、使用法など、非常に多くの情報を確認可能 44
Slide 45: BaseSpace Apps Quick Guide
BaseSpace Apps Quick Guide https://www.illumina.com/content/dam/illumina- marketing/documents/applications/basespace/basespa ce-handout-sequence-hub-apps-quick-guide-web.pdf ・BaseSpace上のアプリのクイックリファレンス ・デモデータへのリンク ・iCreditの試算例 45
Slide 46: BaseSpaceの使用料金について
BaseSpaceの使用料金について 詳細は弊社営業までお問い合わせ下さい 46
Slide 47: techsupport@illumina.com
サポートウェビナーにご参加いただき ありがとうございました。 本日のセッション終了後のご質問は、 techsupport@illumina.com で承ります。 テクニカルサポート直通のフリーダイヤルも ご利用くださいませ。 0800-111-5011 47