Illumina, Inc. · NASDAQ:ILMN
Illumina — Technical Presentation (May 2017)
45 slides from Illumina's technical presentation, May 24, 2017
Slide 1: VariantStudio v3.0変異解析ソフトウェアの徹底活用法
バージョンアップしたデスクトップ版 VariantStudio v3.0変異解析ソフト ウェアの徹底活用法 イルミナ株式会社 サービス・サポート本部 アプリケーションコンサルタント 渡邊 豊 イルミナiSchoolウェビナー 中級編 2017年05月24日 © 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 2: アウトライン
アウトライン ● VariantStudioとは？ ● VariantStudio v3.0の特徴 ● セットアップ ● 実践 ● まとめ 2 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 3: VariantStudioとは？
VariantStudioとは？ 3 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 4: NGS解析のワークフロー
NGS解析のワークフロー ４ステップ Step 1 Step 2 Step 3 Step 4 シーケンスライブラ バリアント シーケンス バリアント抽出 リー調製 アノテーション 参照配列へのア バリアントへの情報 サンプルをシーケ シーケンサーによ ラインメント 付加・意味づけ ンサーで解析する る塩基配列デー →バリアントの → ための準備 タ出力 コール 目的変異の絞込み Wet Wet Dry Dry 実験作業 装置 データ解析 データ解釈 4 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 5: NGS解析のワークフロー
NGS解析のワークフロー ４ステップ Step 1 Step 2 Step 3 Step 4 シーケンスライブラ バリアント シーケンス バリアント抽出 リー調製 アノテーション 参照配列へのア バリアントへの情報 サンプルをシーケ シーケンサーによ ラインメント 付加・意味づけ ンサーで解析する る塩基配列デー →バリアントの → ための準備 タ出力 コール 目的変異の絞込み Wet Wet Dry Dry 実験作業 装置 データ解析 データ解釈 5 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 6: バリアント抽出
バリアント抽出 膨大なバリアントが抽出される シーケンスデータを参照配列へアライ 抽出されたバリアント（.vcfファイル） ンメントする 1バリアント/1行の.csvファイル （.bamファイル） （参考：約30,000行/全エクソーム解析） 6 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 7: NGS解析のボトルネック
NGS解析のボトルネック データ解析と解釈 膨大なバリアントの数 目的の変異は少数個だけ 7 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 8: バリアントを絞り込む
バリアントを絞り込む 「意味」のあるバリアントは？ 8 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 9: VariantStudioはバリアント絞込みに有効
NGS解析のワークフロー VariantStudioはバリアント絞込みに有効 Step 1 Step 2 Step 3 Step 4 シーケンスライブラ バリアント シーケンス バリアント抽出 リー調製 アノテーション 参照配列へのア バリアントへの情報 サンプルをシーケ シーケンサーによ ラインメント 付加・意味づけ ンサーで解析する る塩基配列デー →バリアントの → ための準備 タ出力 コール 目的変異の絞込み Wet Wet Dry Dry 実験作業 装置 データ解析 データ解釈 9 For Research Use Only. Not for use in diagnostic pr
Slide 10: VariantStudio 概要
VariantStudio 概要 アノテーション&フィルタリングツール dbSNP RefSeq VariantStudio NHLBI Exome Variant Server アノテーションデータベース アノテーション Enrichment & VCF または gVCF フィルタリング バリアントをレポート出力 イルミナ VariantStudio 10 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 11: 利用可能なアノテーション情報
利用可能なアノテーション情報 豊富な生物学的なコンテンツ 分類別のアノテーション情報 変異タイプ – シノニマス、フレームシフト、ミスセン ス等 機能的影響 – PolyPhen または SIFT の推定 アリル頻度（ヒト集団ごと） – 1000 Genomes、ExAC 等 疾患関連情報 – OMIM、 COSMIC等 科学文献 – PubMed、Google Scholar 11 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 12: VariantStudio v3.0の特徴
VariantStudio v3.0の特徴 12 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 13: v2.2からの主な変更点
VariantStudio v3.0の特徴 v2.2からの主な変更点 ● インターネット接続不要 ローカルPC イルミナサーバー インターネット接続 v2.2以前 アノテーション VariantStudio アノテーション VariantStudio データベース ローカル環境 v3.0 アノテーション BaseSpace アノテーション VariantStudio エンジン 13 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 14: v2.2からの主な変更点
VariantStudio v3.0の特徴 v2.2からの主な変更点 ● インターネット接続不要 ● 更新されたデータベース データベース (抜粋) v2.2 v3.0 VEP (Ensembl) version 2.8 version 84 dbSNP (NCBI) version 137 version 147 COSMIC version 65 version 77 ClinVar Version September Version 5, 2013 July 5, 2016 14 For Research Use Only. Not for use in diagnostic proce
Slide 15: v2.2からの主な変更点
VariantStudio v3.0の特徴 v2.2からの主な変更点 ● インターネット接続不要 ● 更新されたデータベース ● ExACのアリル頻度が利用可能 http://exac.broadinstitute.org/ The Exome Aggregation Consortium (ExAC) ・全エクソーム解析のバリアントデータベース ・血縁関係の無い健常人60,706人分（2016年現在） ・マルチエスニック対象 “...これらのデータは、病因バリアント候補の効率的な選別や、ヒトのタンパク質コード 遺伝子における「ノックアウト」バリアントの発見に利用できる...” Lek et
Slide 16: v2.2からの主な変更点
VariantStudio v3.0の特徴 v2.2からの主な変更点 ● インターネット接続不要 ● 更新されたデータベース ● ExACのアリル頻度が利用可能 ● 複数サンプルでの操作が可能 v2.2以前 v3.0 サンプル1 サンプル1 フィルター1 レポート サンプル2 フィルター1 レポート サンプル2 フィルター1 レポート サンプル3 サンプル3 フィルター1 レポート 16 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 17: v2.2からの主な変更点
VariantStudio v3.0の特徴 v2.2からの主な変更点 ● インターネット接続不要 ● 更新されたデータベース ● ExACのアリル頻度が利用可能 ● 複数サンプルでの操作が可能 ● v2.2以前で保存したプロジェクトファイルは利用不可 17 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 18: v2.2からの主な変更点
VariantStudio v3.0の特徴 v2.2からの主な変更点 ● インターネット接続不要 ● 更新されたデータベース ● ExACのアリル頻度が利用可能 ● 複数サンプルでの操作が可能 ● v2.2以前で保存したプロジェクトファイルは利用不可 詳しくはリリースノートをご参照ください。 https://support.illumina.com/downloads/variantstudio-release-notes.html 18 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 19: セットアップ
LykPu7 19 lumina’
Slide 20: VariantStudio v3.0 システム要件
VariantStudio v3.0 システム要件 ● 64-bit版 Windows OS (Windows 7、もしくはそれより新しい) ● 2 GB以上のRAM（4 GB以上推奨） ● 20 GB のハードディスク空き容量 ● .NET4.6.1、もしくはそれより新しい ● Microsoft Visual Studio 2015 の Visual C++ 20 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 21: VariantStudio v3.0 の入手方法（その１）
VariantStudio v3.0 の入手方法（その１） ● 弊社のウェブページ（英語版）からリクエスト https://support.illumina.com/downloads/variantstudio- software.html クリック お客様情報 ・Company name ・Last name/First name ・email address 弊社カスタマーサービス宛に メール（英語）をお送りください。 21 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 22: VariantStudio v3.0 の入手方法（その２）
VariantStudio v3.0 の入手方法（その２） ● 弊社のテクニカルサポートまでご連絡ください。 - 電話 ： 0800-111-5011（フリーダイヤル） - Email ： techsupport@illumina.com 22 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 23: VariantStudio v3.0 必要ファイル入手
VariantStudio v3.0 必要ファイル入手 ● 数日後、ILMN-Customer Service <customerservice@illumina.com>から以下のようなメールが 届きます 必要ファイルへのリンク （ftpサーバー） メールの文面、リンクアドレスは変更される可能性があります 23 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 24: VariantStudio v3.0 必要ファイル入手
VariantStudio v3.0 必要ファイル入手 ● FTPサーバーにアクセスして、必要ファイルをダウンロードしてくだ さい アノテーションエンジン （zip形式で8.22 GBくらい） 任意の場所に展開してください （展開すると15.9 GB程度） インストーラー メールの文面、リンクアドレスは変更される可能性があります 24 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 25: VariantStudio v3.0 設定（オプション）
VariantStudio v3.0 設定（オプション） ● アノテーションエンジンの場所（Path）を指定してください アノテーション BaseSpace アノテーション VariantStudio エンジン ● デフォルトでは「C:¥ BaseSpace Annotation Engine」となって います（Pathが無効の場合はソフトウェアは起動しません） 25 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 26: VariantStudio v3.0 設定（オプション）
VariantStudio v3.0 設定（オプション） ● VariantStudioのコンフィグファイル （C:¥Illumina¥VariantStudio 3.0¥VariantStudio.exe.config） で展開したアノテーションエンジンのPathを指定できます 26 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 27: 実践
実践 27 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 28: ソフトウェア起動
ソフトウェア起動 28 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 29: プロジェクトを作る・開く
プロジェクトを作る・開く 新しいプロジェクトを始める 保存されているプロジェクトを開く 29 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 30: 新しいプロジェクトを始める
新しいプロジェクトを始める メニューバー バリアントテーブル フィルター フィルターヒストリー 30 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 31: VCFファイルをインポート
基本操作 VCFファイルをインポート VCFおよびgVCFファイルをサポート＊ ＊イルミナパイプラインで出力されたVCF ファイル ＊参照配列のバージョンはhg19 バリアントテーブル 31 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 32: アノテーションを付与
基本操作 アノテーションを付与 Current Sample：現在表示されているサンプ ルのバリアントのみにアノテーションを付与 All Samples：インポートしたすべてのサンプ ルのバリアントにアノテーションを付与 バリアントテーブル 32 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 33: バリアントの絞り込み
バリアントの絞り込み フィルター選択→Apply Filters ① • フィルター選択 ① • Apply Filterボ ② タンを押す • 絞り込まれたバ ③ リアントを確認 ② ③ 33 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 34: 複数サンプルでの解析が簡単
複数サンプルでの解析が簡単 まとめてフィルタリング&レポート 複数のVCFファイルをインポート 「View All Samples」に✔ 34 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 35: まとめてフィルタリング
まとめてフィルタリング 同一条件を複数サンプルにまとめて適用 フィルター 6サンプルまとめてフィルタリング Pass Filterを通った アミノ酸配列を 変化させる ヒト集団中の頻度 が1%以下 35 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 36: まとめてレポート（PDF/RTF形式）
まとめてレポート（PDF/RTF形式） 定型レポート ご利用の可能性のある方 ・目的のバリアントが決まっている ・定期的に定型レポートが必要 36 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 37: まとめてレポート（PDF/RTF形式）
まとめてレポート（PDF/RTF形式） レポートテンプレートを作成 テンプレート内容 保存された 入力タブ テンプレート テンプレート 管理メニュー 37 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 38: まとめてレポート（PDF/RTF形式）
まとめてレポート（PDF/RTF形式） バリアントを分類（Classification）する バリアントテーブル クリック （デフォルト） ・Benign ・Presumed Benign ・Presumed Pathogenic ・Pathogenic ・Unknown Significance 任意に選択 38 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 39: まとめてレポート（PDF/RTF形式）
まとめてレポート（PDF/RTF形式） 分類（Classification）したバリアントのみレポート レポートする分類（Classification）を選択 ドラッグ Classificationは任意に レポートファイル レポートファイル 追加・削除可能です に表示される に非表示 39 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 40: まとめてレポート（PDF/RTF形式）
まとめてレポート（PDF/RTF形式） サンプルフィールド レポート時 レポート時のサンプル 情報入力項目（任意） 40 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 41: まとめてレポート（PDF/RTF形式）
まとめてレポート（PDF/RTF形式） レポート Example レポートするサンプルを選択 テンプレートを選択 41 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 42: まとめてレポート（TSV形式）
まとめてレポート（TSV形式） テーブルレポート（その１） ご利用の可能性のある方 ・目的のバリアントが同定されていない ・（絞り込まれた）バリアントの情報をす べて保存したい 「View All Samples」に✔が入っている場合 表示されているバリアントテーブルがTSV形式で出力されます 42 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 43: まとめてレポート（TSV形式）
まとめてレポート（TSV形式） テーブルレポート（その２） ご利用の可能性のある方 ・サンプル間での共通バリアントの有無 を探索したい 「View All Samples」に✔が入っている場合 コールされたバリアントのサンプル間での有無を出力します 応用例 =COUNTA(範囲) 範囲内の、空白でないセルの 個数を返します 43 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 44: まとめ
まとめ ● 更新されたIllumina Variant Annotation Databaseで最近の情 報で絞り込みが可能 ● ExACの頻度情報もデータベースに追加 ● アノテーションの付与にインターネット接続が不要 →完全に閉じた環境で解析可能 ● 効率的に複数サンプルの解析・レポート ● テーブルレポートも効果的に利用 44 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Slide 45: ご参加いただきありがとうございました
サポートウェビナーにご参加いただき ありがとうございました。 本日のセッション終了後のご質問は、 techsupport@illumina.com で承ります。 テクニカルサポート直通のフリーダイヤルも ご利用くださいませ。 0800-111-5011 45